Inom EU beslöt man år 1992 att avskaffa taxfreeförsäljningen på färjor, som trafikerar mellan medlemsländerna från den 1 juli 1999. Beslutet gällde moms och varuskatter på varor som såldes ombord för ilandföring. Detta beslut kom att gälla också för Finland och Sverige när de blev medlemmar av EU år 1995.
Lönsamheten för de rederier som trafikerade i Kvarken var mer beroende av taxfree-försäljningen än andra rederier i Europa beroende på de höga alkohol- och tobaksskatterna i Finland och Sverige. Beslutet kom därför att kännas hårdare här än i andra delar av Europa. Till detta bidrog också att rederierna som trafikerar Åland kunde fortsätta sin taxfreeförsäljning genom att Åland inte ingår i EUs skatteunion. Det blev attraktivare att resa mellan Åbo och Stockholm än över Kvarken eftersom man kunde fortsätta handla skattefritt där. Linjerna till Estland behöll också taxfree och tog över de resor från de inre delarna av Finland som tidigare gått till Kvarken.
Kvarkenrådet såg som sin uppgift att informera om de kommande förändingarna när beslutet att avskaffa taxfree närmade sig. Detta gjorde bl.a. genom att ta fram fakta i form av utredningar och statistik, informera beslutsfattare och tjänstemän lokalt, regionalt, nationellt och inom EU och genom att skapa en opinion för att trafiken skulle kunna fortsätta.
Våren 1999 kunde regeringarna i Sverige och Finland komma överens om att ge Kvarkentrafiken ett samhällsstöd på 40 milj FIM (ca 6,7 milj euro, 60 milj SEK) för att upprätthålla åretrunttrafik mellan Vasa och Umeå i två år fom. 1 september 1999. I finansieringen av stödet bidrog också Länsstyrelsen i Västerbottens län, Västerbottens läns landsting, Umeå kommun och Vasa stad. De senare med 20% av stödet. Stödet gavs i enlighet med EUs regler för allmän trafikplikt i förordningen om samhällsstöd för sjötransport. Färjetrafiken för tiden 1 sept. 1999 till 31 aug. 2001 upphandlades sommaren 1999.
Länsstyrelsen i Västra Finlands län stod som upphandlöande myndighet. Det enda anbudet som inlämnades kom från Silja Lines dotterbolag Vasabåtarna Ab. Anbudet godkändes och trafiken inleddes 1 september, först med färjan Fennia som i oktober ersattes av Wasa Queen. Trafiken var dock enligt Vasabåtarna olönsam och bolaget meddelade hösten 2000 att trafiken läggs ner 31.12.2000. Passagerarantalet var då ca. 300 000 på årsnivå i jämförelse med att det under 1998, det sista hela året med taxfree hade varit ca. 900 000.
Efter att trafiken lagts ner gjordes en ny upphandling med de återstående pengarna ca. 12 milj. FIM (ca. 2 milj. euro, ca. 16 milj. SEK). Tre anbud lämnades in, av RG-Line, Botnia Link och Nordic Jet Line. Av dessa var det bara RG-Lines anbud som fyllde de krav som uppställts. RG-Line vann anbudstävlingen. trafiken kunde dock återupptas först 16 maj 2001 med Casino Express (tidigare Fennia). Botnia Link inledde dock godstrafik mellan Vasa och Umeå i början av januari 2001 och började något senare också ta ett mindre antal passagerare.
Man beslöt att stödperioden skulle gälla tio månader från trafikstarten. Stödet upphörde således 15 mars 2002.
Diskussioner om att ånyo ge ett samhällstöd för färjetrafiken mellan Vasa och Umeå fördes under vintern 2002. En arbetsgrupp vid det finländska Kommunikationsministeriet föreslog ett stöd på 1-1,5 milj. euro/år under en treårsperiod. Näringsdepartementet i Sverige förklarade dock att svenska staten inte delta i ett sådant stöd. Diskussionen fortsätter dock.
Finländska regeringen behandlade stödet till Kvarkentrafiken i samband med att förslaget till 2003 års statsbudget behandlades 22 augusti 2002. I förslaget togs ett anslag på 1 milj. euro in i kommunikationsministeriets huvudtitel. Anslaget förutsätter att regionerna på finländska och svenska sidan medverkar i finansieringen av stödpaketet.
Under hösten 2002 förhandlade kommunikationsministeriet med Vasa stad, österbottens förbund, Umeå kommun, Landstinget i Västerbotten och Länsstyrelsen i Västerbottens län samt Kvarkenrådet om hur upphandlingen av passagerartrafiken mellan Vasa och Umeå skall genomföras för perioden 2003-05. Resultatet var att en upphandlig inleddes i oktober 2002.
Före den angivna tiden 2 december hade ett anbud inlämnats. Anbudet lämnades av Oy RG-Line Ab som valdes som operatör. Trafiken med statsstöd inleddes år 2003. Ny upphandling gjordes för åren 2006-2007 och nuvarande samhällsstöd (1 miljon euro) gäller från 1 januari 2008 till 31 december 2009. Oy RG-Line Ab fortsätter som operatör.