Merenkurkun neuvoston hallitus valmistelee Merenkurkun neuvoston kokoukset ja toimii operatiivisena johtoelimenä. Hallitus käsittelee mm. hankesuunnitelmat ja hakemukset, asettaa eri hankkeiden johto- ja ohjausryhmät. Hallitukseen kuuluu kuusi jäsentä kummastakin maasta.
Puheenjohtaja on Vaasan kaupunginjohtaja Tomas Häyry ja varapuheenjohtajana kunnallisneuvos Lennart Holmlund Uumajasta .
| Suomi | |
|---|
| Jäsen | Varajäsen |
| Tomas Häyry, Vaasan kaupunki | Christina Knookala |
| Ulla-Maj Wideroos, Pohjanmaan liitto | Olav Jern |
| Kajsa Kouvo, Keski-Pohjanmaan liitto | Anne Sormunen |
| Tapio Liinamaa, Etelä-Pohjanmaan liitto | Markus Aaltonen |
| Jorma Rasinmäki, Seinäjoen kaupunki | Marja-Terttu Saari |
| Antti Isotalus, Kokkolan kaupunki | Roy Sabel |
| |
| Ruotsi | |
| Jäsen | Varajäsen |
| Lennart Holmlund, Västerbottenin seutuliitto | Gunilla Lundgren |
| Lilly Bäcklund, Västerbottenin seutuliitto | Mathias Haglund |
| Mathias Larsson, Västerbottenin seutuliitto | Olle Lundberg |
| Marianne Löfstedt, Västerbottenin seutuliitto | Veronica Kerr |
| Ann-Christin Westerlund, Västerbottenin seutuliitto | Tomas Hartman |
| Jörgen Gidlund, Örnsköldsvikin kunta | Elvy Söderström |
| |
| |