Merenkurkun neuvosto ry:n ylin päättävä toimielin on vuosikokous.
Yhdistyksen toimintaa ohjaa säännöt.
Säännöt pdf muodossa tästä.

Vuosikokouksessa, joka järjestetään toukokuussa, perustajajäsenten äänimäärä on seuraava:

Pohjanmaan liitto, 2 ääntä

Etelä-Pohjanmaan liitto, 2 ääntä

Keski-Pohjanmaan liitto, 2 ääntä

Vaasan kaupunki, 2 ääntä

Seinäjoen kaupunki, 2 ääntä

Kokkolan kaupunki, 2 ääntä

Västerbottenin läänin seutuliitto, 10 ääntä

Örnsköldsvikin kunta, 2 ääntä

Muut pääjäsenet ovat: Pietarsaari, 2 ääntä

Kunnat, yhdistykset, organisaatiot, yritykset ja järjestöt voivat liittyä Merenkurkun neuvosto ry:n jäseniksi.
Kuntien, yritysten ja oppilaitosten jäsenmaksu vuodelle 2008 on 200 euroa
Yhdistysten, yksityishenkilöiden ja organisaatioiden jäsenmaksu on 100 euroa
Jäsenillä ja yhteistyöosapuolilla on yhdistyksen vuosikokouksissa läsnäolo- ja puheoikeus.

Muut jäsenet ovat:

Etelä-Pohjanmaan kauppakamari
Vaasan yliopisto
Länsi-Suomen ympäristökeskus
Pedersören kunta
Uusikaarlepyy
Teuvan kunta
Luoto
Svenska Österbottens förbund f. utb.kult.
Kaskinen
Suomen Sininen Tie ry.
Pohjanmaan kauppakamari
Företagarna i Västerbotten
Umeå kommun
Lycksele kommun
Västerbottens handelskammare
Kruunupyy
Kristiinankaupunki
Österbottens fiskarförbund
Alavuden kaupunki
Vilhelminan kunta
Marin miljöanalys AB
Pohjola-Nordenin Pohjanmaan piiri/ Pohjoismainen tiedotustoimisto, Vaasa
Föreningen Norden i Västerbotten/ Pohjoismainen tiedotustoimisto, Uumaja