EU:ssa päätettiin vuonna 1992 lopettaa taxfreemyynti jäsenmaiden välillä liikennöivillä lautoilla 1 heinäkuuta 1999 lukien. Päätös koski arvonlisäveroa ja tavaraveroja laivalla maihinvietäväksi myytävistä tuotteista. Tämä päätös tuli koskemaan myös Suomea ja Ruotsia niiden tultua EU:n jäseniksi vuonna 1995.
Merenkurkussa liikennöivien varustamoiden kannattavuus oli enemmän riippuvainen taxfree-myynnistä kuin Euroopan muiden varustamoiden johtuen Suomen ja Ruotsin korkeista alkoholi- ja tupakkaveroista. Päätös tuntui sen vuoksi kovemmalta täällä kuin muissa Euroopan osissa. Tähän vaikutti myös se, että Ahvenanmaan kautta liikennöivät varustamot saattoivat jatkaa taxfree-kauppaa, koska Ahvenanmaa ei kuulu EU:n veroliittoon. Turun ja Tukholman välillä matkustaminen houkutteli enemmän kuin matka Merenkurkun yli, koska eteläisellä reitillä verovapaa myynti jatkui.
Merenkurkun neuvosto katsoi tehtäväkseen tulevista muutoksista tiedottamisen taxfree-myynnin lakkauttamisen lähestyessä. Tehtiin selvityksiä ja tiedotettiin päättäjille ja virkamiehille paikallisella, alueellisella ja EU-tasolla ja vaikutettiin yleiseen mielipiteeseen liikenteen jatkamisen puolesta.
Keväällä 1999 päättivät Suomen ja Ruotsin hallitukset antaa Merenkurkun liikenteelle 40 milj. FIM yhteiskunnan tukea (n. 6,7 milj. euroa) ympärivuotisen liikenteen ylläpitämiseksi Vaasan ja Uumajan välillä kahden vuoden ajan lähtien syyskuun 1 päivästä 1999. Tuen rahoittamiseen osallistuivat myös Västerbottenin lääninhallitus, Västerbottenin läänin maakäräjät, Uumajan kunta ja Vaasan kaupunki, jälkimmäiset 20 %:lla tuesta. Tuki myönnettiin EU:n sääntöjen mukaan asetuksessa meriliikenteelle myönnettävästä yhteiskunnallisesta tuesta julkisen palveluvelvoitteen mukaisesti.
Lauttaliikenteestä ajalle 1. syyskuuta 1999 31. elokuuta 2001 järjestettiin tarjouskilpailu kesällä 1999. Länsi-Suomen lääninhallitus oli tarjouskilpailun järjestävä viranomainen. Ainoan tarjouksen jätti Silja Linen tytäryhtiö Vaasanlaivat Oy. Tarjous hyväksyttiin ja liikenne aloitettiin 1 syyskuuta, ensin Fennialla, jonka tilalle tuli lokakuussa Wasa Queen.
Liikenne oli kuitenkin Vaasanlaivojen mukaan kannattamaton ja yhtiö ilmoitti syksyllä 2000 lopettavansa liikenteen 31.12.2000. Matkustajamäärä oli tällöin vuositasolla n. 300 000 verrattuna vuoden 1998, joka oli viimeinen kokonainen taxfree myyntivuosi, n. 900 000 matkustajan määrään.
Liikenteen loppumisen jälkeen järjestettiin uusi tarjouskilpailu jäljellä olevista varoista, n. 12 milj. FIM (n. 2 milj. euroa). Kolme tarjousta jätettiin, RG-Line, Botnia Link ja Nordic Jet Line. Näistä vain RG-Linen tarjous täytti asetetut vaatimukset. RG-Line voitti tarjouskilpailun, liikenne voitiin kuitenkin aloittaa uudelleen vasta 16 toukokuuta 2001 Casino Expressillä (aiemmin Fennia). Botnia Link aloitti tavaraliikenteen Vaasan ja Uumajan välillä tammikuun 2001 alussa ja ryhtyi myöhemmin ottamaan myös jonkin verran matkustajia.
Päätettiin, että tukikausi kestää kymmenen kuukautta liikenteen aloittamisesta. Tuki päättyi näin ollen 15. maaliskuuta 2002. Talvella 2002 käytiin uudestaan keskusteluja Vaassa ja Uumajan välisen lauttaliikenteen yhteiskuntatuen myöntämisesestä. Liikenne- ja viestintäministeriön työryhmä esitti 1-1,5 milj./v. euron tuki kolmelle vuodelle. Ruotsin Elinkeinoministeriö ilmoitti kuitenkin että Ruotsin valtio ei osallistu tällaiseen tukeen.
Suomen hallitus käsitteli Merenkurkun liikenteen tuki vuoden 2003 valtion tulo- ja menoarvion käsittelyn yhteydessä 22 elokuuta 2002. Esitykseen otettiin 1 milj. euron määräraha liikenne- ja viestintäministeriön pääluokkaan. Määräraha edellyttää että alueet Suomen ja Ruotsin puolella osallistuvat tukipaketin rahoittamiseen.
Syksyllä 2002 Liikenne- ja viestintäministeriö neuvotteli Vaasan kaupungin, Pohjanmaan liiton, Uumajan kunnan, Västerbottenin maakäräjien ja Västerbottenin lääninhallituksen sekä Merenkurkun neuvoston kanssa Vaasan ja Uumajan välisen matkustajaliikenteen kilpailuttamisesta kaudelle 2003-05. Tuloksena oli että tarjouskilpailu julistettiin lokakuussa 2002.
Määräpäivään mennessä 2 joulukuuta 2002 jätettiin yksi tarjous. Tämä tarjous tuli Oy RG-Line Ab:lta. Yhteiskunnan tukema liikenne alkoi vuoden 2003 alusta. Merenkurkun liikenne on jatkunut yhteiskunnan tukemana ajalla 2006-2007 ja nykyinen tuki (1 miljoona euroa) on ajalle 1.1.2008-31.12.2009. Liikennöitsijänä toimii Oy RG-Line Ab.