Eftersom Kvarken som den smalaste delen av Bottniska viken förenade Österbotten och Västerbotten lärde sig befolkningen redan tidigt att samarbeta. På 1300-talet styrdes hela Norrland i Sverige från Korsholms slott i Österbotten. Under lång tid skötte skärgårdsborna i Björköby och på Holmön post och passagerare över Kvarken en tidig föregångare till dagens Kvarkentrafik och dagens Kvarkensamarbete. En karta från 1573 illustrerar hur man ritade Kvarken fordomdags och hur man tog sig över Kvarken under olika årstider.

Karta: Olaus Magnus, Carta Marina Scandinavia, 1539 (utdrag)

På 1830-talet inleddes den första ångbåtstrafiken i Bottniska viken och Kvarken. Trafiken har under åren blivt mer regelbunden. År 1958 kom den första bilfärjan och från år 1972 har det varit året runt trafik.

Det mera organiserade Kvarkensamarbetet växte fram ur det ideella Nordiska samarbetet inom Pohjola-Norden i Finland och Föreningen Norden i Sverige och ur fadderorts- och vänortssamarbetet mellan kommunerna.

År 1972 bildades Kvarkenrådet vid den första Kvarkenkonferensen i Vasa. De första åren ägnades åt att skapa en organisation och till att förankra samarbetet i kommuner, myndigheter och organisationer. År 1979 blev Kvarkenrådet en del av det officiella Nordiska samarbetet, med ekonomiskt stöd från Nordiska Ministerrådet och dess Ämbetsmannakommitté för regionalpolitiskt samarbete (NÄRP).

Från och med år 2008 administreras Kvarkenrådets verksamhet av en ideell förening.