Koska Merenkurkku Pohjanlahden kapeimpana osana yhdisti Pohjanmaan ja Västerbottenin oppivat ihmiset täällä jo aikaisin toimimaan yhteistyössä. 1300-luvulla Pohjanmaalla sijaitsevasta Korsholman linnasta käsin hallittiin koko Ruotsin Norrlantia. Pitkiä aikoja Björköbyn ja Holmön saariston asukkaat huolehtivat postista ja matkustajista yli Merenkurkun ja olivat näin nykyisen Merenkurkun liikenteen ja Merenkurkun yhteistyön edelläkävijöitä. Kartta vuodelta 1573 kuvaa muinaista Merenkurkkua ja sen ylitystä eri vuodenaikoina.

Kartta: Olaus Magnus, Carta Marina Scandinavia, 1539 (ote)

1830-luvulla aloitettiin höyrylaivaliikenne Pohjanlahdella ja Merenkurkussa. Liikenne on vuosien mittaan muodostunut säännöllisemmäksi. Vuonna 1958 aloitti ensimmäinen autolautta liikennöinnin ja vuodesta 1972 on liikenne ollut ympärivuotista.

Järjestäytyneempi Merenkurkun yhteistyö sai alkunsa Suomen Pohjola-Norden ja Ruotsin Föreningen Norden yhdistysten välisestä aatteellisesta yhteistyöstä ja kuntien välisestä kummikunta- ja ystävyyskuntayhteistyöstä.

Vuonna 1972 muodostettiin Merenkurkun neuvosto Vaasassa pidetyssä ensimmäisessä Merenkurkun konferenssissa. Ensimmäisten vuosien aikana luotiin organisaatio ja kiinnitettiin yhteistyö kuntiin, viranomaisiin ja organisaatioihin. Vuonna 1979 Merenkurkun neuvostosta tuli osa virallista pohjoismaista yhteistyötä, Pohjoismaiden ministerineuvoston ja sen Aluepolitiikan yhteistyön virkamieskomitean NÄRP:in tuella.